Im Wald gerät Shaymin mitten in den Kampf zwischen den mächtigen Pokémon Dialga und Giratina. Alle drei werden plötzlich in eine mysteriöse Parallel-Welt geschleudert. Ash und seine Freunde treffen auf das angriffslustige und scharfsinnige Pokémon Shaymin und entdecken, dass sie einiges verbindet: Die Liebe zur Natur und zu allen Lebewesen. Auf ihrem Weg treffen unsere Reisenden auf einen hilfsbereiten Forscher, den gefährlichen Bösewicht Zero und seinen Plan, die Welt zu beherrschen.