Ash, Pikachu und ihre Freunde befinden sich in Alto Mare, einer wunderschönen Stadt voller Kanäle. Aber sie sind nicht die einzigen Besucher: zwei Diebinnen haben es auf Latias und Latios abgesehen. Die Legendären Pokémon haben eine Verbindung zu dem Juwel Herztropfen, das das Verteidigungssystem der Stadt antreibt. Können Ash und die Legendären Pokémon dem Plan der Diebinnen ein Ende bereiten?