Im Austausch für die Erfüllung eines Wunsches kämpfen Magical Girls im Verborgenen weiterhin gegen die Hexen. Die junge Iroha Tamaki jedoch kann sich seltsamerweise nicht mehr an ihren Wunsch erinnern. In ihrem Leben scheint es eine grosse Lücke zu geben und sie hat das Gefühl, etwas sehr Wichtiges verloren zu haben. Eines Tages hört sie das Gerücht, dass Magical Girls in der Stadt Kamihama erlöst werden können. Dort angekommen muss sie aber schnell feststellen, dass hier viel mächtigere Hexen lauern, als irgendwo sonst! Als Iroha in der Klemme steckt, trifft sie auf andere Magical Girls, die ihr nicht nur beistehen, sondern ihr vielleicht auch helfen könnten herauszufinden, was sie verloren hat. Puella Magi Madoka Magica revolutionierte das Magical Girl Genre mit typisch niedlichen Charakteren, die jedoch in einer Dystopie seelischen Abgründen ins Auge blicken müssen. Das Schicksal hält einige spannende Wendungen bereit und so entführt Studio SHAFT erneut in ein brillant animiertes Universum voller neuer und altbekannter, liebenswürdiger Magical Girls.