Vor 33 Jahren erschufen Aliens, die sogenannten JAM, in der Antarktis einen Hyperraumkorridor, der an eine Nebelsäule erinnert. Das war der Beginn einer grossangelegten Invasion der Erde. Die Hoffnung eines Sieges über die Aliens ruht nun auf dem Super Sylph Yukikaze, ein futuristischer Superjet mit eigener K.I.. Nur ihr Pilot Rei Fukai scheint sie vollkommen zu verstehen. 30 Jahre nach dem Überfall der ausserirdischen JAM. Der Kampf zwischen der Menschheit und den JAM war noch nicht vorbei... Lt. Rei Fukai ist der Pilot eines hochtechnologischen Aufklärungsflugzeugs mit K.I. an Bord, dem Super Sylph Yukikaze. Seine Aufgabe ist es, Daten über die JAM und ihren Planeten zu sammeln. Selbst wenn die anderen Jets, die ihn begleiten, angegriffen werden, ist es sein Befehl, nicht einzugreifen und auf jeden Fall, was auch passieren mag, "zur Basis zurückzukehren". Als Rei eines Tages seine Mission abgeschlossen glaubte, wird er plötzlich von einem unidentifizierten Flugobjekt bedroht...