Eigentlich ist Schüler Nathan nur auf der Suche nach Käfern im Wald, als er stattdessen dem Yo-kai Whisper begegnet. Die drollige Quasselstrippe überreicht Nathan eine Yo-Kai Watch, mit deren Hilfe Nathan fortan auch andere Yo-kai sehen kann. Das kommt ihm gelegen, denn die Yo-kai treiben allerlei Schabernack mit den Menschen. Wird Nathan sie davon überzeugen können, ihre Fähigkeiten für das Gute einzusetzen?