Japan im Jahre 2100: Nach einem Erdbeben sind weite Teile des Landes überschwemmt und Panik und Chaos beherrschen die Szenerie. Lediglich die Metropole Tokio blieb weitestgehend von der Katastrophe verschont. Just dorthin flüchten sich die junge Mutter Masane und ihre Tochter Rihoko, in der Hoffnung ein neues Leben beginnen zu können. Als das Jugendamt Rihoko in seine Obhut nimmt und Masane von einem roboterähnlichen Wesen attackiert wird, offenbart sich in ihr die Macht der Witchblade, die aus ihr eine tödliche Kriegerin macht. Doch auf eben diese Macht haben es auch zwei Organisationen abgesehen, in deren Visier die junge Frau nun gerät ...