Verdächtige Stadt, verdächtige Schule - ziemlich klare Sache für Ryuko Matoi, als sie neu an die Honnouji-Akademie kommt. Mit einer riesigen roten halben Schere im Gepäck will sie hier nach dem Träger der anderen Hälfte suchen, der ihren Vater umgebracht hat. Sofort fällt ihr Verdacht auf Satsuki Kiryuin, die Präsidentin der Schülerversammlung, die unter dem Motto "Furcht bedeutet Freiheit" ein eisernes, unbarmherziges Regiment führt. Dazu verteilt sie gemäss den Fähigkeiten der Schüler sogenannte "Goku-Uniformen", die ihrem Träger unglaubliche Stärke verleihen. Mit ihren "Elite-Vier" und diversen Klubvorsitzenden scheint Satsuki so eine unbesiegbare Armee vor sich zu haben. Doch auch die rachedurstige Ryuko hat mit der sprechenden Uniform Senketsu eine schlagkräftige Waffe in der Hinterhand ...