Japan 2071: Nachdem die Welt zu einem grossen Teil von den Aragami, einer Art extrem gefährlicher und anpassungsfähiger Monster, zerstört wurde, bleibt als einzige Hoffnung die Organisation Fenrir, die es sich zur Aufgabe gemacht hat, die Aragami zu vernichten. Die Kämpfer der Organisation sind als God Eater bekannt, welche allein durch ihre God Arcs, spezielle aus den Zellen der Monster hergestellte Waffen, in der Lage sind, diese zu töten. Der junge Lenka Utsugi schliesst sich der Einheit an und beginnt seine Ausbildung, um mit den anderen God Eatern wie Alisa, Soma und Lindow die Welt und die Menschheit zu retten.