Als Sasahara Kanji und Kasukabe Saki auf die Uni wechseln, stehen beide vor einem Dilemma. Während Sasahara überlegt, ob er endlich seinen lang gehegten heimlichen Traum wahr machen und einem Animeclub beitreten soll, versucht Saki genau dies bei ihrem gut aussehenden, aber leider völlig weltfremden Freund Kôsaka zu verhindern. Sie scheitert allerdings kläglich, denn beide Jungen werden Mitglieder bei Genshiken. Von nun an sieht sich die hübsche Saki mit unablässigen Mangazitaten, Videogames und abgefahrenen Fanaktivitäten konfrontiert. Ob ihre junge Liebe diese harte Probe überstehen wird...?