Das Land Amestris ächzt unter den Folgen eines schweren Krieges. Nachdem die Brüder Edward und Alphonse Elric ihre Mutter verloren, versuchen sie diese mittels Alchemie wieder ins Leben zurückzuholen. Doch das funktioniert nicht und Ed verliert ein Bein und einen Arm, Al sogar den gesamten Körper. Seine Seele kann mit letzter Kraft an eine Rüstung gebunden werden und so vor dem Tod bewahrt werden. Um Alphonse seinen Körper wiederzugeben, wird Ed zum jüngsten Staatsalchemisten aller Zeiten und macht sich mit seinem Wissen und seinem Können daran, den legendären Stein der Weisen zu finden, denn nur dieser kann helfen. Auf ihren Reisen durch das Land begegnen sie Homunculi, künstlich geschaffene, menschenähnliche Wesen, und sie kommen einer unglaublichen Verschwörung in den Reihen des Militärs auf die Schliche ...