Immer mehr Schülerinnen der Shinyo-Akademie gelten als vermisst. Gerüchten zufolge sind die Mädchen in Drogengeschäfte verwickelt. Andere wiederum vermuten etwas Übernatürliches an dem Verschwinden: Boogiepop, der Engel des Todes, der junge Mädchen tötet, damit sie nie ihre Schönheit verlieren. Er lebt als zweite Persönlichkeit im Körper einer Schülerin und kommt nur dann zum Vorschein, wenn der Welt eine Gefahr droht. In insgesamt 4 Story-Arcs trifft Boogiepop neben dem Menschenfresser "Mantikor", der sich in der Shinyo-Akademie eingenistet hat, auf zahlreiche mysteriöse Gegner, wie den Imaginator, Fear Ghoul und den König der Verzerrung. Was hat es mit diesen übernatürlichen Geschöpfen auf sich und ist Boogiepop wirklich die Wurzel allen Übels...?