Durch eine weltweite Klimaveränderung, die der grössenwahnsinnige Wissenschaftler Zorndyke herbeigeführt hat, sind die Polarkappen geschmolzen und viele Teile der Erde unter Wassermassen versunken. Etwa eine Milliarde Menschen verloren dabei ihr Leben. Darüber hinaus erschuf Zorndyke Wesen, die unter Wasser durch Kiemen atmen können und so die neue Welt nach seinen Vorstellungen besiedeln sollen, die Chimären. Zorndyke hat die Rechnung jedoch ohne Mayumi Kino und Tetsu Hayami gemacht, die der Umweltorganisation Ao angehören und sich dem Wissenschaftler in den Weg stellen. Blue Submarine No. 6“ ist einer der ersten ausschliesslich am Computer entstandenen Animes und beeindruckt durch seine dynamischen Unterwasserschlachten. Regie bei der vierteiligen OVA aus dem renommierten Hause GONZO (Full Metal Panic!, Speed Grapher) führte Mahiro Maeda (The Animatrix, Final Fantasy Unlimited).