In einem Leben nach dem Tod kämpfen Engel gegen ihr Schicksal. Gemeinsam mit der Anführerin Yuki wollen die Rebellen nicht akzeptieren, welch trostlose Zukunft für Sie vorgesehen ist. Als der Junge Otonashi eines Tages auf dem Gelände einer ihm unbekannten Schule aufwacht, kann er sich nicht erklären, wie er hierher gelangt ist. Dass ihm ein Mädchen gegenüber steht, das eine Waffe in der Hand hält, und er keine Erinnerung an sein bisheriges Leben hat, sorgt in dieser unangenehmen Situation für zusätzliches Unbehagen. Doch das Mädchen namens Yuri ist Otonashi gegenüber freundlich und erklärt ihm, was Sache ist: Otonashi ist gestorben und befindet sich nun in einer Welt zwischen Leben und Tod, in der verstorbene Jugendliche von einer mysteriösen Dienerin Gottes, terrorisiert werden. Als Otonashi von der Existenz der Untergrundorganisation "Shinda Sekai Sensen" erfährt, tritt er der Gruppe bei um gemeinsam mit den anderen Mitgliedern gegen die böse Herrscherin zu kämpfen. Doch wie ist Otonashis irdische Vergangenheit mit den Geschehnissen in der Zwischenwelt verknüpft? Und warum will er nicht von dem Gedanken ablassen, dass "der Engel" ein ganz gewöhnliches Mädchen wäre?