Nachdem Kei in einen schweren Verkehrsunfall verwickelt wurde, kann er sein bisheriges Leben abschreiben. Denn als er unversehrt aus einer Blutlache unter dem Lastwagen hervorkriecht, steht eins fest: Er gehört zu den Ajin, einer menschenähnlichen Spezies, die unsterblich ist. Aus diesem Grund gelten Ajin als perfekte Kampfmaschinen und die Regierung hat grosses Interesse an ihnen. Um den grauenvollen Experimenten der Staatsgewalt zu entkommen, bleibt Kei nur die Flucht. Die einzige Person, die ihm dabei zu Hilfe kommt, ist sein Sandkastenfreund Kaito. Als die beiden sich auf dem Motorrad davonmachen, werden sie von zwei Kriminellen überfallen. Sie sind hinter dem Kopfgeld her, das mittlerweile auf Kei ausgesetzt ist. Doch dann versucht einer der Männer aus Neugierde, Kei zu töten, wodurch das erscheint, was einen Ajin ausmacht: der "schwarze Geist" ...