Sea Patrol dreht sich um das Patrouillenschiff HMAS Hammersley der Royal Australian Navy, das in der farbenprächtigen Umgebung des Great Barrier Reef u.a. Drogenschmugglern, Piraten oder Korallenjägern hinterherjagt. Die Besatzung steht unter dem Kommando von Kapitän Lt. Cmdr. Mike Flynn (Ian Stenlake). Als Erster Offizier stösst in der ersten Folge Lt. Kate McGregor (Lisa McCune) hinzu. Allerdings hatten die beiden früher eine romantische Affäre ...