Michael Scofield befindet sich in einer verzweifelten Situation: Sein Bruder Lincoln Burrows sitzt in einer Todeszelle des Fox River State Gefängnisses. Er wurde wegen des Mordes am Bruder der amerikanischen Vize-Präsidentin verurteilt. Eine Überwachungskamera hatte die Tat aufgenommen. Lincoln beteuert jedoch nach wie vor seine Unschuld: Er habe den Mann zwar tatsächlich töten wollen, als er an den Tatort kam, sei jener aber schon tot gewesen. Niemand glaubt ihm - ausser seinem Bruder. Nachdem alle legalen Mittel ausgeschöpft sind, um die Hinrichtung zu verhindern, fasst Michael den tollkühnen Beschluss, Lincoln aus dem Gefängnis zu befreien. Als Ingenieur, der selbst am Umbau der Gefängnisanlagen beteiligt war, konzipiert er einen minutiös durchdachten Fluchtplan.