N.C.I.S. begleitet ein Elite-Agententeam, das ausserhalb der militärischen Kommandostruktur operiert. Angeführt von Special Agent Leroy Jethro Gibbs - einem harten, hoch qualifizierten Ermittler, der gewillt ist, Regeln auch einmal grosszügig auszulegen, um den Job zu erledigen - ermittelt das eingeschworene Team in Mordfällen, bei Spionage, Terrorismus und Entführung.