Hiiragi Utena hat immer zu Magical Girls aufgeschaut und davon geträumt, sich in eine coole Heldin zu verwandeln, die das Böse bekämpft. Als sich ihr eines Abends eine puppenähnliche Gestalt nähert und behauptet, dass in ihr magische Kräfte schlummern, zittert sie vor Aufregung. Doch ihr farbenfroher Traum wird durch eine ironische Wendung der Ereignisse schnell zunichtegemacht, als sie sich in eine Schurkin verwandelt! Sie ist nicht daran interessiert, sich mit den Mächten des Bösen zusammenzutun, und will aufhören, als eine Gruppe Magical Girls auftaucht und ihr den Krieg erklärt. Es kommt zum Kampf und Hiiragi entdeckt bald, dass es ihr Spass macht, andere zu quälen, während ihre wahre Natur zum Vorschein kommt. Die Serie folgt Hiiragi, wie sie ihr neues Leben als Anführerin der Schurken beginnt, gegen Magical Girls kämpft und ihrer neu entdeckten sadistischen Natur nach Herzenslust nachgeht.