Als Loki (Tom Hiddleston) sich in einem unachtsamen Moment der Avengers den Tesserakt schnappte und mit dessen Macht flüchtete, wirbelte er das Raum-Zeit-Kontinuum mächtig durcheinander. Die Time Variance Authority, eine intergalaktische Behörde, deren Aufgabe es ist, den Fluss der Zeit zu kontrollieren, sieht das überhaupt nicht gerne und nimmt den Trickster-Gott gefangen. Nun muss Loki im Auftrag von Mobius M. Mobius (Owen Wilson) die durcheinander geratenen Zeitfäden wieder entwirren. Leichter gesagt als getan...