Im Mittelpunkt der Geschehnisse von The Good Doctor befindet sich der junge Dr. Shaun Murphy (Freddie Highmore). Er ist Autist und daher fallen ihm soziale Interaktionen überaus schwer - ein Umstand, der durchaus problematisch ist, wenn man jeden Tag mit Patienten in Berührung kommt und diesen unter Umständen schicksalhafte Nachrichten überbringen muss. Trotzdem hat Shaun einen Weg gefunden, um in Kontakt mit seinen Patienten und den übrigen Menschen in seiner Umgebung zu treten. Seine Art ist dabei genauso ehrlich wie aufrichtig - und bringt die Probleme stets auf den Punkt, was gelegentlich sogar von Vorteil sein kann, wenn es um das Überbringen schlechter Neuigkeiten geht. Dass Shaun abseits davon ein brillanter Arzt ist und hervorragende Arbeit erledigt, steht ausser Frage - nicht zuletzt soll er alsbald als Chirurg im Bonaventure Hospital in San Jose eine Anstellung erhalten. Dort wird er dann Seite an Seite mit seinem guten Freund und Mentor Dr. Ira Glassmann (Richard Schiff) operieren.