Als die Welt von einer mysteriösen Lebensform namens Neuroi bedroht wird, liegt die Hoffnung der Menschheit auf den jungen Mädchen der "Strike Witches"! Mit ihrer speziellen Ausrüstung, der "Striker Unit", schwingen sie sich in die Lüfte und ziehen in die Schlacht gegen den unbekannten Feind. Auch Yoshika trägt das Potenzial in sich, eine Strike Witch zu werden und schliesst sich der Einheit an, obwohl sie eigentlich gegen den Krieg ist...