Naughty Dog wurde 1986 von Andy Gavin und Jason Rubin mit 16 Jahren als JAM Software gegründet. Der erste Titel war ein Skispiel namens Ski Crazed für den Apple II. Darauf folgte im Jahr 1988 ein Grafikabenteuer namens Dream Zone, welches als erstes Spiel den VGA-Standard unterstützte.

1989 erschien Keef the Thief, welches von Electronic Arts vertrieben wurde. In dieser Zeit änderte JAM Software, vor dem Erscheinen von Keef the Thief, seinen Namen in Naughty Dog. Im Jahre 1992 erschien Rings of Power für das Sega Mega Drive.

Anschliessend trennten sich beide, als Andy Gavin am MIT ein Studium anfing und es Jason Rubin nach Newport Beach zog, und das Unternehmen ging bankrott. Doch bereits 1993 fand Naughty Dog in Boston wieder zusammen und entwickelten Way of the Warrior für das 3DO. Universal Interactive Studios nahm sich des Titels an und vertrieb ihn im Jahr 1994. Darauf unterschrieb Naughty Dog mit Universal einen Vertrag für drei Projekte und zog nach Los Angeles um. Eines der Projekte war Crash Bandicoot, welches für das Unternehmen den Durchbruch bedeutete. Die Figur entwickelte sich zu einem inoffiziellen Maskottchen für die Konsole. Zwei Fortsetzungen und ein Fun Racer folgten. Insgesamt konnte sich die Crash-Reihe 21,5 Millionen mal verkaufen. Nach den Crash-Teilen entwickelte Naughty Dog die Computerspielreihe Jak and Daxter, welche für die PlayStation 2 erschien. Im Januar 2001 erklärte Sony dann, dass es Naughty Dog kaufen werde.

Darauf folgte die Uncharted-Serie für PlayStation 3. Insgesamt konnte sich die PS3-exklusive Uncharted-Serie inklusive der Neuauflage für die PS4 über 20 Millionen mal verkaufen. Auf einer weltweiten Verkaufsliste von über 8500 Spielen befindet sich Uncharted: Drakes Schicksal auf Platz 203 mit 4,89 Millionen, Uncharted 2: Among Thieves auf Platz 115 mit 6,67 Millionen und Uncharted 3: Drake’s Deception auf Platz 111 mit 6,78 Millionen Verkäufen.

Am 10. Dezember 2011 kündigte Naughty Dog in einer Pressemitteilung die Entwicklung von The Last of Us an, einer Mischung aus Survival Horror und Action-Adventure. Das Spiel erschien am 14. Juni 2013. Darauf folgte am 14. November 2013 auf den Spike Video Game Awards ein Teaser eines neuen Teiles der Uncharted-Serie.

The Last of Us verkaufte sich bis Mitte 2014 über 6 Millionen mal und wurde vielerorts als eines der besten Videospiele der letzten Jahre bezeichnet. Kombiniert mit den Verkäufen der Neuauflage für die PS4 wurde der Titel über 9,5 Millionen mal verkauft.