Das Basketballteam der Teiko Mittelschule wurde drei Jahre in Folge zum Champion gekrönt, dank fünf herausragende Spieler, die überall nur als die "Wundergeneration" bekannt sind. Nach der Mittelschule gingen sie getrennte Wege und betrachten sich nun als Rivalen. Zurück im Hier und Jetzt, beweisen zwei Erstklässler an der Seirin Oberschule, dass sie keine gewöhnlichen Basketballspieler sind: Taiga Kagami, ein vielversprechender Spieler, der gerade aus den USA zurückgekehrt ist und Tetsuya Kuroko, ein scheinbar gewöhnlicher Schüler, der weder besonders sportlich noch in der Lage ist, Körbe zu erzielen. Schnell stellt sich heraus, dass Kuroko der 6. Spieler, das sogenannte "Phantom-Mitglied", der legendären Teiko-Mannschaft war, der für sein unglaubliches Passspiel bekannt war. Gemeinsam mit dem Seirin-Basketballclub wollen sie das Interhigh gewinnen und zeigen, dass sie das beste Team in ganz Japan sind.