Im Mittelpunkt der Handlung steht unter anderem Lucy Heartfilia, die von Zuhause fortläuft, um Fairy Tail beizutreten. Auf ihren Weg trifft sie den Dragonslayer Natsu Dragonil, der auf der Suche nach seinem vor 7 Jahren verschwundenen Ziehvater, dem Drachen Igneel, ist. Sein Wegbegleiter ist eine fliegende blaue Katze namens Happy. Nachdem Natsu Lucy vor einen Magier, der sich als der Salamander ausgibt, rettet, und sich schliesslich als der wahre Salamander offenbart, folgt Lucy ihm zu seiner Gilde Fairy Tail und tritt dieser bei.Sie gründet ein Team mit Natsu und Happy, zu dem jedoch zeitweise auch der Eismagier Gray Fullbuster und die Waffenmagierin Elsa Scarlet gehören. Das Team um Lucy geht zusammen auf Missionen, um Geld zu verdienen, diese werden in der Regel von normalen Menschen aufgegeben (z.B. Monster jagen), trotzdem kommt es oft zur Bekämpfung von illegalen Gilden, sogenannten dunklen Gilden, und anderen Bösewichten.