Der Büroangestellte Rokuro Okajima soll für seine japanische Firma eine wichtige Diskette mit dem Schiff nach Borneo bringen. Dabei wird er von der Lagoon Company, die im Auftrag der russischen Mafia arbeitet, überfallen und als Geisel genommen. Die Gruppe besteht aus der schiesswütigen Revi, dem Afro-Amerikaner Dutch, der die Gruppe führt, und dem Techniker Benny. Nachdem seine Firma ihn kurzerhand für tot erklären lässt und Rokuro keinen Grund sieht, nach Japan zurückzukehren, schliesst er sich der Gruppe an und erhält den Spitznamen Rock.Die Lagoon Company schmuggelt mit ihrem Schnellboot, der Black Lagoon, in Südostasien und nimmt Aufträge der Mafia und Verbrechersyndikaten an, insbesondere dem russischen Syndikat Hotel Moscow, zu dem sie gute Beziehungen haben. Die Chefin von Hotel Moscow, die knallharte Balalaika, arbeitet gelegentlich Hand in Hand mit ihnen. Das Büro befindet sich in der fiktiven Küstenstadt Roanapur in Thailand. Die Zeit zwischen zwei Aufträgen verbringen die Charaktere hauptsächlich im Lokal The Yellow Flag, einer Bar in Roanapur, die oftmals durch Schiessereien dem Erdboden gleichgemacht wird. Revi und Benny wuchsen in New York auf, wo auch die oft durch vulgäre Ausdrücke glänzende Revi ihre Fertigkeiten an der Pistole erlernte.Weitere Charaktere sind Mr. Zhang, Anführer der chinesischen Triade in Roanapur, der Besitzer des „The Yellow Flag“ Bora, das Hausmädchen und ehemalige südamerikanische Terroristin Roberta, die mit Revi befreundete CIA-Agentin Eda von der Schmuggler-Kirche, die das Waffen-Monopol in Roanapur besitzt, und die Klingen bevorzugende Attentäterin Shenhua, die Revi nur „Miss Bitteschön“ nennt. Des Weiteren gerät die Besatzung der Black Lagoon im Verlauf der Handlung noch mit der mexikanischen Mafia, der Hisbollah, Samurais, Neonazis, minderjährigen Auftragskillern und sogar dem amerikanischen Geheimdienst aneinander.