Der 16-jährige Akira wird unschuldig auf Bewährung verurteilt, als er einer Frau hilft, die nachts überfallen wird. Als verurteilter Straftäter muss er die Schule wechseln und zieht nach Tokio, wo er beim grummeligen Cafébesitzer Soichiro unterkommt. Aber schon bald geschehen merkwürdige Dinge: Auf seinem Handy installiert sich eine merkwürdige App, die ihn und seine wachsende Anzahl Freunde in ein Paralleluniversum zieht, das die Seelen bösartiger und gefährlicher Mitmenschen widerspiegelt. Als Phantom Thieves, Kämpfer für die Gerechtigkeit, kämpfen sie gegen die Monster in den Herzen von übergriffigen Lehrern, betrügerischen Stars und Yakuza-Bossen. Aber die Polizei ist ihnen dicht auf den Fersen, denn die Phantom Thieves stehen im Verdacht, mit einer Reihe von Anschlägen in Verbindung zu stehen, die Tokio seit Kurzem erschüttern.