Mitten in Shinjuku, dem Stadtteil der wirklich niemals schläft, rücken nachts die Midnight Occult Civil Servants aus. Hier tritt Arata Miyako seinen ersten Arbeitstag an, ohne recht zu wissen, was ihn eigentlich erwartet. Und damit erst gar nicht der falsche Eindruck entstehen könnte, das hier sei ein öder Behördenjob, schmeissen ihn seine neuen Kollegen sogleich ins kalte Wasser. Und so geht es mit Kyouichi, einem Frauenheld und Ex-Host, sowie Theo, einem Halbengländer mit alchemistischen Faible, auf nächtlichen Streifzug, um magische Wesen zu jagen. Da trifft es sich doch ausgezeichnet, dass Arata Miyako mit Elfen, Imps und Kobolden auch kommunizieren kann...