Die ausserirdische Rasse der Amanto hat die Erde erobert und die Samurai des feudalen Japan werden als Massnahme zur Friedenssicherung entwaffnet. Fortan werden sie mit Missachtung gestraft und müssen sich ihren Lebensunterhalt auf andere Weise verdienen. So auch der Tausendsassa Gintoki Sakata, der kurzerhand die "Alles-Agentur" gründet und für Geld fast alle Aufträge annimmt. Durch verschiedene Zufälle treten auch der Kellner Shinpachi und die Ausserirdische Kagura der "Alles-Agentur" bei. Während ihrer verschiedenen Aufträge kommt es immer wieder zu haarsträubenden, urkomischen Zusammenstössen mit den unterschiedlichsten Personen.