Der Oberschüler Taiju nimmt gerade all seinen Mut zusammen, um seinem Schwarm endlich seine Liebe zu gestehen, als plötzlich ein grell-grünes Licht am Horizont erscheint und die gesamte Menschheit zu Stein verwandelt. Tausende Jahre vergehen, in denen jegliche Zivilisation brachliegt und alle Spuren menschlichen Lebens langsam verschwinden, bis sich Taijus Versteinerung löst und er endlich erwacht. Nach kurzer Zeit stellt er jedoch fest, dass das kein Zufall war: Senku, sein Kindheitsfreund und Wissenschaftsgenie, ist vor ihm erwacht und hat durch Experimente einen Weg gefunden, ihn zu befreien. Und nicht nur das: Senku hat bereits Kleidung, Tontöpfe, Feuer und einiges mehr erschaffen. Sein Plan: mithilfe der Wissenschaft die Zivilisation in kürzester Zeit zurückzuholen und alle Menschen zu retten!