FBI-Agent Ethan Burke (Matt Dillon) wird mit der Fahndung nach zwei spurlos verschwundenen Kollegen betraut. Seine Ermittlungen führen ihn in die abgelegene Stadt Wayward Pines, deren Bewohner dem Neuankömmling mit grossem Misstrauen begegnen. Als Ethan den Geheimnissen der verschworenen Stadtgemeinde immer weiter auf den Grund geht, gelangt er zu der schrecklichen Erkenntnis, dass er Wayward Pines möglicherweise niemals lebendig verlassen wird.