Diese Manga-Reihe ist keine nahtlose Fortsetzung von Battle Angel Alita, sondern als alternatives Ende der Geschichte anzusehen. Diese Reihe beginnt dort, wo Desty Nova mit Teilen von Alitas Gehirn nach Zalem zurückkehrt. Im Verlauf der verschiedenen Geschichten erkennt Alita immer mehr über ihre Vergangenheit und die speziellen Techniken der „Panzerkunst“, welche sie langsam wiederentdeckt. Ein entscheidender Unterschied zur Vorgängerserie ist der Wechsel von der Erdoberfläche mit ihrer barbarischen, schmutzigen Kultur in das größtenteils durchnormte und hoch entwickelte, jedoch ebenfalls oft groteske Weltall.