Um gegen groteske Monster namens Kaiju in Japan vorzugehen, riskiert eine Eliteeinheit des Militärs täglich ihr Leben. Ist eine Kreatur erfolgreich eliminiert, nehmen die Tatortreiniger die Zügel in die Hand und kratzen jegliche Überreste von den Strassen. Kafka und seine Kindheitsfreundin Mina haben sich einst geschworen, beide der Eliteeinheit beizutreten. Während sie mittlerweile ein Star des Verteidigungskorps ist, dümpelt Kafka bei den Tatortreinigern vor sich hin und scheiterte schon mehrmals bei der Aufnahmeprüfung für die Eliteeinheit. Bis zu jenem schicksalhaften Tag, an dem er einem parasitenartigen Kaiju begegnet und eine Kette unglücklicher Ereignisse auslöst ...